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README.md

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-  <a href="https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer/stargazers"><img src="https://img.shields.io/github/stars/your-username/Geo-Layout-Transformer.svg" /></a>
-  <a href="https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer/network/members"><img src="https://img.shields.io/github/forks/your-username/Geo-Layout-Transformer.svg" /></a>
-  <a href="https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer/issues"><img src="https://img.shields.io/github/issues-raw/your-username/Geo-Layout-Transformer" /></a>
-  <a href="https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer/issues?q=is%3Aissue+is%3Aclosed"><img src="https://img.shields.io/github/issues-closed-raw/your-username/Geo-Layout-Transformer" /></a>
+  <a href="http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer/stargazers"><img src="https://img.shields.io/github/stars/your-username/Geo-Layout-Transformer.svg" /></a>
+  <a href="http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer/network/members"><img src="https://img.shields.io/github/forks/your-username/Geo-Layout-Transformer.svg" /></a>
+  <a href="http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer/issues"><img src="https://img.shields.io/github/issues-raw/your-username/Geo-Layout-Transformer" /></a>
+  <a href="http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer/issues?q=is%3Aissue+is%3Aclosed"><img src="https://img.shields.io/github/issues-closed-raw/your-username/Geo-Layout-Transformer" /></a>
   <a><img src="https://img.shields.io/badge/python-3.12%2B-blue" /></a>
   <a><img src="https://img.shields.io/badge/PyTorch-2.x-orange" /></a>
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@@ -115,7 +115,7 @@ curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
 2) Clone the repository:
 
 ```bash
-git clone https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer.git
+git clone http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer.git
 cd Geo-Layout-Transformer
 ```
 
@@ -143,7 +143,7 @@ Notes:
 1) Clone the repository:
 
 ```bash
-git clone https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer.git
+git clone http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer.git
 cd Geo-Layout-Transformer
 ```
 

README_zh.md

@@ -6,10 +6,10 @@
 </p>
 
 <p>
-  <a href="https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer/stargazers"><img src="https://img.shields.io/github/stars/your-username/Geo-Layout-Transformer.svg" /></a>
-  <a href="https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer/network/members"><img src="https://img.shields.io/github/forks/your-username/Geo-Layout-Transformer.svg" /></a>
-  <a href="https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer/issues"><img src="https://img.shields.io/github/issues-raw/your-username/Geo-Layout-Transformer" /></a>
-  <a href="https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer/issues?q=is%3Aissue+is%3Aclosed"><img src="https://img.shields.io/github/issues-closed-raw/your-username/Geo-Layout-Transformer" /></a>
+  <a href="http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer/stargazers"><img src="https://img.shields.io/github/stars/your-username/Geo-Layout-Transformer.svg" /></a>
+  <a href="http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer/network/members"><img src="https://img.shields.io/github/forks/your-username/Geo-Layout-Transformer.svg" /></a>
+  <a href="http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer/issues"><img src="https://img.shields.io/github/issues-raw/your-username/Geo-Layout-Transformer" /></a>
+  <a href="http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer/issues?q=is%3Aissue+is%3Aclosed"><img src="https://img.shields.io/github/issues-closed-raw/your-username/Geo-Layout-Transformer" /></a>
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   <a><img src="https://img.shields.io/badge/PyTorch-2.x-orange" /></a>
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@@ -115,7 +115,7 @@ curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
 2）克隆代码仓库：
 
 ```bash
-git clone https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer.git
+git clone http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer.git
 cd Geo-Layout-Transformer
 ```
 
@@ -143,7 +143,7 @@ uv sync
 1）克隆代码仓库：
 
 ```bash
-git clone https://github.com/your-username/Geo-Layout-Transformer.git
+git clone http://jiao77.cn:3012/Jiao77/Geo-Layout-Transformer.git
 cd Geo-Layout-Transformer
 ```
 

TODO.md

@@ -1,125 +1,103 @@
-<!-- TODO.md -->
-# TODO — Geo-Layout-Transformer 🚀
+# Geo-Layout-Transformer TODOs
 
-目的：遍历项目并把发现的未实现/待完善项整理到此文件，方便后续开发分配与跟踪。📝
+本文件汇总项目目标、架构概览、当前完成度与改进计划，按优先级分组并提供可执行清单（复选框）。
 
-简短项目说明 ✨
-- 这是一个面向半导体版图（GDSII/OASIS）的研究型工程，目标构建一个混合 GNN + Transformer 的“版图理解”基础模型（自监督预训练 + 任务微调），用于热点评估、连通性校验、版图匹配等下游任务。
+## 项目目标（简述）
+- 构建用于物理设计版图理解的统一基础模型，面向热点检测、连通性验证、结构匹配等任务。
+- 采用“GNN Patch Encoder + 全局 Transformer”的混合架构，支持自监督预训练与任务头微调。
 
-检索与覆盖说明（工具扫描结果） 🔎
-- 已扫描主要入口和核心模块：`README*.md`, `main.py`, `src/models/*`, `src/data/*`, `src/engine/*`, `scripts/*`。
-- 发现显式未实现/占位符（`pass`、`TODO`）的位置列在下方。
+## 架构概览（对应代码位置）
+- 数据层：`src/data/`
+	- `gds_parser.py`：GDSII/OASIS 解析、按 patch 裁剪与几何特征提取（使用 gdstk）。
+	- `graph_constructor.py`：从几何对象构建 PyG 图（节点特征、KNN/Radius 边、元信息）。
+	- `dataset.py`：InMemoryDataset 加载处理后的 `.pt` 数据。
+- 模型层：`src/models/`
+	- `gnn_encoder.py`：可切换 GCN/GraphSAGE/GAT 的 Patch 编码器 + 全局池化。
+	- `transformer_core.py`：Transformer 编码器（正余弦位置编码 + EncoderStack）。
+	- `task_heads.py`：分类/匹配任务头；`geo_layout_transformer.py` 组装端到端模型。
+- 训练与评估：`src/engine/`
+	- `trainer.py`：监督训练循环（BCEWithLogitsLoss）；缺少 focal loss 等实现。
+	- `evaluator.py`：Accuracy/Precision/Recall/F1/AUC 指标计算。
+	- `self_supervised.py`：占位式“掩码版图建模”流程，尚不稳定（见改进项）。
+- 脚本与入口：
+	- `scripts/preprocess_gds.py`：GDS → 图数据集流水线（保存为 InMemoryDataset）。
+	- `scripts/visualize_attention.py`：注意力可视化占位，需实现细节。
+	- `main.py`：加载配置、构建数据/模型，并在 pretrain/train/eval 模式下运行。
+- 配置：`configs/default.yaml`、`configs/hotspot_detection.yaml`
+- 依赖与版本：`pyproject.toml`（Python >=3.12，Torch/PyG 等）；锁文件 `uv.lock`。
 
--一览：显式未实现 / 需要实现（按优先级排序）
+## 当前完成度（粗略评估）
+- 已完成
+	- GDS 解析与 patch 裁剪（含裁剪多边形与面积比例等元信息）。
+	- 图构建（节点几何/层特征，KNN/Radius 边，PyG Data 包装）。
+	- GNN 编码器（GCN/GraphSAGE/GAT）与 Transformer 主干的基本数据流。
+	- 监督训练 Trainer（BCEWithLogitsLoss）、Evaluator 指标管线。
+	- 预处理脚本与 InMemoryDataset 持久化；基础日志与配置装载/合并。
+	- README 中安装/运行指引（推荐 uv；备选 Conda/Pip）。
+- 进行中/占位
+	- 自监督预训练（self_supervised）：掩码策略与维度重塑存在假设，需调通与验证。
+	- 注意力可视化脚本：仅说明性注释，未接入模型权重与实际权重提取。
+	- main.py 数据集切分：目前 train/val 复用同一数据源，留有 TODO。
+- 缺失/需改进
+	- 任务头与损失的更丰富支持（如 focal loss、class weights、masking/采样）。
+	- 训练循环的验证与早停、最佳模型保存、学习率调度等训练工程化能力。
+	- 自监督目标的严谨实现（mask 索引与 batch/ptr 对齐、掩码、重建头/投影器）。
+	- 可复现实验脚本与最小数据样例；单元测试与快速 CI 校验。
+	- CUDA/大图内存管理（梯度累积、混合精度、GraphSAINT/Cluster-GCN 等）。
+	- 可观测性（TensorBoard/CSVLogger、随机种子、配置溯源与版本记录）。
 
-- [ ] 1) 必要：数据处理与加载（高优先级） ⚠️
-- 文件：`src/data/dataset.py`
-  - 问题：继承 `InMemoryDataset` 的 `download()` 和 `process()` 方法均为 `pass`。
-  - 影响：无法自动将原始 GDS/OASIS 转换并打包为 PyG 可加载的 `data.pt`。`main.py` 依赖 `LayoutDataset(root=...)` 加载数据，会在没有 `processed` 数据时失败。
-  - 建议实现：
-    1. `download()`：可选，从远程或指定路径复制原始文件（若不需要可留空并在 README 标注）。
-    2. `process()`：读取 `raw_dir` 下已由 `scripts/preprocess_gds.py` 生成的 `.pt` 或中间文件，或直接在此处调用解析与图构建逻辑（调用 `src/data/gds_parser.py` 和 `src/data/graph_constructor.py`），最后保存 `torch.save((data, slices), self.processed_paths[0])`。
-    3. 文档化输入目录结构和所需文件名约定。
-  - 估时：3–8 小时，取决于是否复用 `scripts/preprocess_gds.py`。
+## 优先级清单（可执行项）
 
-- [ ] 2) 必要：预处理脚本（高优先级） 🔧
-- 文件：`scripts/preprocess_gds.py`
-  - 问题：脚本中存在 `pass` 和 `TODO`（未实现从标签文件加载标签或完整的预处理流程）。
-  - 影响：无法从 GDS/OASIS 生成可训练的数据集（patch 切分、polygon 裁剪、节点/边构建、保存为 `.pt`）。
-  - 建议实现：
-    1. 实现或封装 `gds_parser`（基于 `gdstk` 或 `klayout`）以读取多层几何并输出 polygon 列表与层信息。
-    2. 实现 patch 切分（窗口大小、stride）、polygon 裁剪与 `is_partial`、area ratio 计算。
-    3. 调用 `graph_constructor` 构造 PyG `Data`（节点特征、边、metadata），并保存为单个或批量 `.pt` 文件放入 `processed_dir`。
-    4. 提供 `--overwrite`、`--workers`、`--verbose` 等 CLI 参数。
-  - 依赖：`gdstk` 或 `klayout`（README 中已提及）。
-  - 估时：2–16 小时（实现完整解析 + 并行化视复杂度而定）。
+### P0（立即优先）
+- [ ] 数据集切分与 DataLoader 管线
+	- 在 `main.py` 引入可配置的 train/val/test 切分比例与随机种子；支持从目录/清单载入各 split。
+	- 为 `configs/default.yaml` 增加 `splits` 字段；更新 `README*` 用法说明。
+- [ ] 监督训练工程化
+	- 在 `trainer.py` 补充验证阶段与最佳模型保存（`torch.save` 至指定路径）。
+	- 引入学习率调度器（如 StepLR/CosineAnnealingWarmRestarts）与早停策略。
+	- 支持 class weights/focal loss：在 `trainer.py` 增加 `focal_loss` 实现并在配置选择。
+- [ ] 自监督预训练修复
+	- 明确 batch 内每图的 patch 序列映射：根据 `batch.ptr` 逐图生成 mask 索引，避免跨图混淆。
+	- 将掩码作用在输入特征/图结构层而非已池化的图级嵌入；或增加“节点级→patch 聚合→重建头”。
+	- 为 `transformer_core` 或单独模块增加重建头（MLP）以回归原 patch 表征；提供单元测试。
 
-- [ ] 3) 必要：训练脚本中的数据集划分与 checkpoint（中/高优先级） 🗂️
-- 文件：`main.py`
-  - 问题：存在 TODO，当前将整个 `LayoutDataset` 直接用于 train/val loaders 而非划分；模型 checkpoint 加载被注释（示例中注释掉 `load_state_dict`）。
-  - 影响：无法做标准的训练/验证/测试分割，也缺少断点重载逻辑。
-  - 建议实现：
-    1. 在 `main.py` 中实现基于 `random_split` 或按设计文件/布局分层划分（确保跨-layout 的分割策略），并将结果保存 `splits/` 以保证可复现性。
-    2. 实现 checkpoint 的保存（按 epoch/metric）和加载逻辑（支持 optimizer 和 scheduler state）。
-  - 估时：1–3 小时。
+### P1（高优）
+- [ ] 任务头与损失扩展
+	- 在 `task_heads.py` 增加多标签分类、回归头；增添可插拔的池化（CLS token/Mean/Max/Attention Pool）。
+	- 在 `trainer.py` 支持多任务训练配置（不同 head/loss 的加权）。
+- [ ] 训练与日志可观测性
+	- 增加 TensorBoard/CSVLogger；记录 epoch 指标、学习率、耗时；保存 `config` 与 `git` 提交信息。
+	- 固定随机种子（PyTorch/NumPy/环境变量），在 `utils` 中提供 `set_seed()` 并在入口调用。
+- [ ] 可复现实验与最小数据
+	- 提供最小 GDS 示例与对应的 processed `.pt` 小样，便于 CI 与用户快速体验。
+	- 在 `scripts/` 增加一键跑通的小样流程脚本（preprocess→train→eval）。
 
-- [ ] 4) 必要/需修正：模型中批次/序列维度处理（中优先级） 🧩
-- 文件：`src/models/geo_layout_transformer.py`
-  - 问题：代码里直接用 `nodes_per_graph[0]` 假设每个图（sample）包含相同数量的 patch（nodes），然后用 `.view(num_graphs, nodes_per_graph[0], -1)` 强制 reshape。这在真实数据里通常不成立（patch 数量/节点数会变化）。
-  - 影响：当样本 patch 数不同或数据使用不定长序列时会崩溃或产生错误的上下文分割。
-  - 建议实现：
-    1. 使用 `torch_geometric` 的 `Batch` 提供的信息按-图聚合 patch embeddings（例如，对每个图做 mean/max pooling，或构建 padded sequences 并 mask）。
-    2. 另外可在 `graph_constructor` 处保证每个样本序列长度固定（但这限制较大）。
-  - 估时：2–6 小时。
+### P2（中优）
+- [ ] 大图/性能优化
+	- 引入混合精度（`torch.cuda.amp`）、梯度累积、可选更小 batch，监控显存。
+	- 探索 GraphSAINT/Cluster-GCN 等大图训练策略，并与当前 patch 划分结合。
+- [ ] I/O 与生态集成
+	- `klayout` Python API 的可选集成与安装脚本说明；解析 OASIS 的路径补全与测试。
+	- 在 `graph_constructor.py` 为边策略加入可学习/基于几何关系的拓展（如跨层连接边）。
+- [ ] 可解释性与可视化
+	- 完成 `scripts/visualize_attention.py`：注册 Hook 提取注意力/特征图，绘图并保存到 `docs/`。
+	- 在 `Data.node_meta` 基础上支持几何叠加可视化（patch bbox 与局部多边形）。
 
-- [ ] 5) 必要/改进：Trainer 功能不完整（中优先级） 🚦
-- 文件：`src/engine/trainer.py`
-  - 问题：仅支持少数优化器和 BCE 损失；没有早停、学习率调度、checkpoint 保存、验证调用；示例中注释掉了 Evaluator 的使用。
-  - 影响：难以进行标准训练流程与调参。
-  - 建议实现：
-    1. 增加 checkpoint 保存/加载（model + optimizer + epoch）。
-    2. 支持 scheduler（如 CosineAnnealingLR、ReduceLROnPlateau）与早停逻辑。
-    3. 在 `run()` 中每个 epoch 后调用 `Evaluator`（或传入回调）做验证与模型选择。
-    4. 扩展损失函数注册，添加 `cross_entropy`、`focal`、`dice`（视任务而定）。
-  - 估时：3–8 小时。
+### P3（后续）
+- [ ] 更丰富的自监督任务
+	- 对比学习（SimCLR/GraphCL/MaskGIT风格）、上下文预测、旋转/裁剪增广等。
+- [ ] 生成式方向探索
+	- 以 Transformer 编码为条件，尝试版图片段重建/扩展的生成任务。
+- [ ] 文档与示例完善
+	- 在 `README*` 增补训练曲线示例、模型结构图与常见问题（FAQ）。
 
-- [ ] 6) 改进/增强：任务头与可扩展性（中优先级） 🧠
-- 文件：`src/models/task_heads.py` 与 `src/models/geo_layout_transformer.py`
-  - 问题：任务头目前仅示例了 classification 与 matching，两者接口可能需要标准化（输入 shape、masking、loss 约定）。
-  - 建议：定义统一的 Head 接口（forward 接受 embeddings + mask，可返回 logits + aux），并在配置（configs/*.yaml）中声明 head 类型与损失配置。
-  - 估时：2–4 小时。
+## 风险与边界条件（建议处理）
+- 空 patch/稀疏边界：预处理阶段应丢弃无几何或孤立节点过多的 patch，并统计占比。
+- 类别不平衡：提供正负样本重采样或损失加权；评估报告中输出混淆矩阵与 PR 曲线。
+- 版本与兼容：已将 Python 要求更新为 3.12+；如需老版本 Python，需回溯依赖并测试。
+- 随机性：固定随机种子并在日志中写入，以确保结果可复现。
 
-- [ ] 7) 可选：scripts/visualize_attention.py 与可解释性工具（低优先级） 🔍
-- 说明：README 提到 attention 可视化，但 `scripts/visualize_attention.py` 需要检查是否完整实现（未详细扫描）。如果目标是可解释性，应实现从 Transformer attention 到版图坐标/多边形映射的工具链。
-- 估时：4–12 小时（视可视化深度）。
+---
 
-- [ ] 8) 项目文档 & CI（低优先级） 📚
-- 问题：`pyproject.toml` 中 Python 要求为 3.12（但 README 写 3.9+），依赖列表为空，`requirements.txt` 存在但需与 `pyproject` 同步。
-- 建议：统一 python 版本约定、完善 `pyproject.toml` dependencies 或使用 `requirements.txt`，添加 basic `tox`/`github actions` 用于 lint/test。
-- 估时：1–3 小时。
+维护者可按上述优先级推进，每完成一项请勾选对应复选框并在 PR 中引用本条目以便追踪。
 
-隐含的设计改进（建议） 💡
-- 增加端到端的单元/集成测试（最小例：人工构造的 patch -> graph -> forward pass），确保 pipeline 各步正确。
-- 在 `scripts/preprocess_gds.py` 中加入小样本模式（debug 用），能快速构造少量样本用于单元测试。
-- 考虑在 `src/data/` 中添加一个轻量的 synthetic generator（随机几何与层），便于 CI 下的快速运行和回归测试。
-
-建议的短期工作分配（建议先做 1→2→3） 🔜
-- A. 实现 `scripts/preprocess_gds.py`（若已有成熟解析器可复用）：2–16h
-- B. 实现 `src/data/dataset.py::process()` 加载 `processed/` 数据并写入 `data.pt`：3h
-- C. 修复 `geo_layout_transformer` 中的序列 reshape（改为按图聚合或 padding+mask）：3–6h
-- D. 在 `main.py` 中实现数据划分与 checkpoint load/save：1–3h
-- E. 在 `trainer` 中加入 eval & checkpoint：3–6h
-
-- 质量门（quality gates） ✅
-- 在完成 A+B 后，应跑通一个最小端到端 smoke test：生成 1–5 个 processed `.pt`，用 `main.py --mode pretrain` 或 `--mode train` 在 1 epoch 上跑通（CPU 可行）。
-- 增加 2 个单元测试：
-  1. graph_constructor 测试：输入简单 polygon 输出节点/边及元数据
-  2. model 前向测试：使用 synthetic batch 验证 forward 不崩溃并返回期望 shape
-
-文件与代码位置清单（已发现的占位实现）
-- src/data/dataset.py — download(), process(): pass
-- scripts/preprocess_gds.py — 主要预处理逻辑存在 pass/TODO
-- main.py — TODO: 数据集划分；checkpoint 加载示例被注释
-- src/models/geo_layout_transformer.py — 假定每个图拥有相同 patch 数（reshape 问题），建议改为可变长度处理
-- src/engine/trainer.py — 基础训练循环已实现，但缺少评估调用、checkpoint、scheduler 支持
-
-后续步骤（我可以为你做的）
-- 如果你同意，我将按优先级 **实现/修复 A + B + C**：
-  1. 实现 `scripts/preprocess_gds.py` 的基础版本（支持 gdstk 作为依赖）并保存 `processed/*.pt`。
-  2. 在 `src/data/dataset.py` 中实现 `process()` 以加载 `processed` 文件并生成 `data.pt`。
-  3. 修复 `geo_layout_transformer` 中的 reshape，采用 pooling 或 padded sequences + mask。
-  4. 运行一个快速 smoke test（1 epoch，CPU），并把结果写入 `TODO.md` 下的进度条目。
-
-要求与注意事项（请确认或提供）
-- 你希望我直接修改代码并在仓库中提交这些改动吗？（我已准备好直接修改并运行 smoke test）。
-- 如果有偏好的 GDS 解析库（`gdstk` 或 `klayout`），请说明；我会优先使用 `gdstk`（requirements.txt 已列出）。
-
-需求覆盖映射
-- "遍历项目代码，找出项目做什么" —— Done（在文档与简短项目说明中覆盖）。
-- "找出哪些没有实现的地方" —— Done（列出显式 `pass` / `TODO`，并补充潜在的设计缺陷与改进项）。
-- "整理到 TODO.md 里面" —— Done（此文件即为输出）。
-
-变更记录
-- 创建：`TODO.md`（列出问题与修复建议）。
-
-最后简短说明：如果你允许我继续实现优先级 A+B+C，我将开始具体编码并在每个重要阶段给出进度更新（包括运行结果和短时间的 smoke tests）。